Eine zweiköpfige Geschäftsführung koordiniert die Arbeit der IVEKD und ist ihr Ansprechpartner nach Außen.
Die derzeitige Geschäftsführung besteht aus:
Jan Homann
Vertretung der IVEKD im Pfarrverband
Prisca Frey
Vertretung der IVEKD in ARK und GK1
ehemalige Geschäftsführer*innen
Steffen Tim Hoinkis 2016 – 2021