Eine zweiköpfige Geschäftsführung koordiniert die Arbeit der IVEKD und ist ihr Ansprechpartner nach Außen.
Die derzeitige Geschäftsführung besteht aus:
Mathias Balzer
Vertretung der IVEKD im Pfarrverband
Carlotta Wegner
Vertretung der IVEKD in ARK und GK1
Ehemalige Geschäftsführer*innen
Prisca Frey 2024–2026
Jan Homann 2023–2026
Steffen Tim Hoinkis 2016–2021